Diferitele părți ale unui fruct de cafea sunt :
-o piele externa (exocarp), roșie sau galbenă atunci când fructul este copt
-pulpa și mucilagiul (mezocarpul)
-în general sunt doua semințe (fiecare numite endosperm), care conțin un germen (embrion).
 Fiecare sămânță sau boabă este acoperită cu un înveliș seminal, numit piele argintie (silverskin) și inconjurată de un pergament (endocarpul). În cazul în care o samânță nu se dezvolta, locul său rămâne gol, iar cealaltă se rotunjește (peaberry). Conținutul de apă al întregului fruct proaspăt copt este de aproximativ 65%. Arabica, crescută la înălțime, în general este o cafea cu un corp mai slab, acidă și aromată. Conținutul său de cafeină este scăzut (aproximatic 1,5% din materia uscată). Canephora, reprezentată în principal de soiul Robusta, este o cafea crescută la altitudine mică. Are un corp bun, dar mai amară și mai puțin acidă si aromată decât Arabica. Boabele de canephora sunt mai mici decât cele Arabica și conținutul lor de cafeină poate depăși 2,5%. Aceste criterii de calitate, care sunt legate de originea genetică, pot fi influențate și de factorii de mediu, cum ar fi metoda de cultivare, solul sau clima, operații tehnologice ce sunt efectuate pe boabe, cum ar fi procesarea post-recoltare, decorticarea și sortarea pot afecta, de asemenea calitatea. Prelucrarea cafelei are scopul de a reduce conținutul de apă din fructele proaspete la un nivel care să permită conservarea boabelor (aproximativ 11-12%), îndepărtând învelișul care înconjoară boabele și pregătind boabele conform cerinței pieței. După recoltare, sunt folosite trei sisteme diferite pentru procesare: PRIN USCARE (natural coffees) și PRIN SPĂLARE (washed coffees) și mai recent un al treilea, intermediar SEMI-USCAT (pulped natural).
  METODA PRIN USCARE implică faptul că întreag fructul este uscat (exocarp, mezocarp adică pulpă, pergament și sămânță). Pulpa uscată și pergamentul este apoi îndepărtat mecanic pentru a obține cafea verde. Procesul prin uscare este utilizat pentru mai mult de 80% din cafeaua din Brazilia, Etiopia, Yemen, precum si pentru aproape toate cafele robusta.
  În timpul prelucrării UMEDE, pulpa (adică exocarpul și o parte din mezocarp) este îndepărtată mecanic. Mezocarpul rămas, numit mucilagii, se lipește de pergament și este, îndepărtat înainte de uscare. Decorticarea pergamentului uscat aduce cafeaua verde. Procesul umed este utilizat pentru toate cafelele Arabica, altele decât cele menționate mai sus și numai pentru un procent mic de cafea robusta.
  În procesul SEMI-USCAT, mucilagiul nu este îndepărtat după decorticare, și pergamentul și mucilagiul sunt uscate împreună. Cafeaua verde se obține prin decorticarea pergamentului uscat cu micilagiul lipit de el. Procesul semi-uscat este utilizat în Brazilia și Burundi. Cafeaua verde, obținută prin oricare dintre cele trei metode menționate mai sus, este supusă la trei tipuri succesive de SORTARE în funcție de MĂRIME, DENSITATE și CULOARE. Amestecarea diferitelor tipuri de cafea poate fi necesară pentru export sau pentru prăjire. Pentru că recoltarea cafelei este sezonieră, centrele de procesare funcționează numai în timpul lunilor de cules. Fructele uscate sau boabele uscate în pergament sunt apoi depozitate și operațiunile ulterioare de prelucrare pot fi eșalonate pe o perioadă mai lungă.

  În acest caz, atunci când cafeaua ajunge pe linia de procesare este un amestec de fructe necoapte, coapte, răscoapte și parțial uscate, împreună cu frunze, bețe precum și pământ și pietre atunci când cafeaua este recoltată direct de pe sol. Obiectivul procesării prin uscare este de a curăța fructele de cafea și de a le separa, în măsura în care este posibil, în funcție de conținutul de umiditate. Cireșele la diferite niveluri de umiditate, sunt apoi uscate separat pentru a obține un produs uscat uniform.
  Din nefericire, mulți cultivatori care produc cafele naturale, ignoră pur și simplu acești pași și duc cafeaua direct de la recoltare la uscare, fără nici un fel de curățare sau separare. Rezultatul este un produs de calitate inferioară. Cafeaua procesată prin uscare ce a fost în mod corespunzător uscată si prelucrată poate fi un produs de calitate, cu propria sa piață. Boabele sunt un ingredient de bază în amestecurile pentru espresso și, ca atare, ele se bucură de o cerere în creștere, în special pentru produse de inaltă calitate.

Curățarea fructelor de cafea se realizează prin vânturare și cernere. Separarea în funcție de conținutul de umiditate se bazează pe densitate și se realizează prin flotație în apă. Flotația este de asemenea folosită pentru separarea pietrelor de cafea.
 
Uscarea cireșelor mixte, fără nici o curățare trebuie evitată. De fapt, beneficii mari, prin costuri reduse pot fi obținute în cazul în care simpla curățare și separare , proceduri descrise mai jos sunt implementate.

Împurități ușoare, cum ar fi frunzele, tulpinile și praful sunt separate de fructe prin vânturare, adică cu ajutorul unui flux de aer. Abordarea tradițională de vânturare este cea mai utilizată de către fermierii mici din Brazilia. Cireșele de cafea sunt colectate pe o sită rotundă. Frunzele care se mișcă în sus în timp ce cafeaua este adunată, sunt îndepărtate manual. Cireșele sunt apoi aruncate în sus și prinse pe o sită, de mai multe ori. Praf, frunze și alte impurități ușoare sunt îndepărtate, pe măsură ce cafeaua se mișcă în sus și în jos, ca răspuns la mișcarea specială transmisă, cireșelor, de mâini instruite. Nisipul și impuritățîle mici trec prin găurile sitei și cad pe sol. Sistemul manual tradițional este înlocuit treptat cu cel mecanizat, care utilizează un ventilator pentru eliminarea impurităților ușoare. Există mai multe tipuri de mașinării pe piață, Unele combină un ventilator cu site ce vibrează pentru a separa impuritățile care sunt mai mici si mai mari decât fructele. Unele modele sunt mobile, alimentate la priză de puterea unui tractor. Acestea oferă avantajul de a lăsa rebuturile organice (frunze și tulpini) și solul pe plantație.
  Mari secerători mecanice autopropulsate au propriul lor sistem integrat de vânturare, în timp ce fermierii orientați spre recoltarea cu tractorul pot avea un sisteme de vânturare separate. Echipamentul care colecteaza cafeaua de pe sol, de obicei, este dotat cu un sistem de vânturare. Cele mai multe sisteme de vânturare mecanice au o ajustare unică care controlează intensitatea de aspirare sau suflare. Acest lucru trebuie să fie setat pentru a se asigura că numai impuritățile sunt separate. Cu toate că, în teorie, viteza de vibrație a sitelor poate fi ajustată și o gamă de site de diferite dimensiuni ar putea fi disponibile, în practică, acestea sunt definite de către producător.

  Impurități grele, mai mici sau mai mari decât fructele, cum ar fi nisip, pietre, noroi, etc. , sunt separate de cireșele de cafea prin CERNERE, adică prin folosirea a două ecrane vibratoare cu găuri, ce sunt mai mici sau mai mari decât fructul. Sitele pot fi aranjate una după alta sau una deasupra celeilalte.
  În unele mașini sistemul de cernere este combinat cu cel de vânturare într-o singură structură care îndeplinește cele două funcții.

FLOTAȚIA este folosită pentru separarea pietrelor și a fructelor cu conținut diferit de umiditate. Conținutul inițial de umiditate al amestecului recoltat manual sau mecanic, variază foarte mult, de la 65% la fructele necoapte și  coapte, la 25-30% la cele parțial uscate. Dacă fructele cu un conținut de umiditate diferit, nu sunt separate și uscate, va fi aproape imposibil să se obțină un produs cu un conținut uniform de umiditate. Uscarea va fi ma eficientă și mai puțin costisitoare, dacă cireșele sunt separate în funcție de conținutul de umiditate, și uscate separat. Mai multe tipuri de sisteme sunt utilizate pentru separarea prin flotație în apă: rezervoare de apă statice, rezervoare sifon, canale cu capcane și mecanisme de spălare și separare. Toate sistemele sunt bazate pe diferența de densitate între cireșele coapte și necoapte, care sunt mai dense și se scufundă ('sinkers') și cireșele parțial uscate, care sunt mai puțin dense și plutesc ,('floaters'). Pietrele, care sunt mai dense decât toate fructele, deasemenea se scufundă și pot fi separate de cafea prin flotație. Cu toate că pietre ce sunt mai mari sau mai mici decât cireșele sunt separate prin cernere, pietre de aceeași dimesiune ca și cireșele pot fi separate numai prin flotație.

Rezervoarele statice sunt abandonate în mare parte azi, doarece au ieșire limitată și necesită o mare muncă pentru încărcarea și eliminarea diferitelor produse.
Aceaste sunt rezervoare din beton, umplute cu apă. Cireșele cu o densitate ridicată ce se scufundă sunt recuperate printr-un sifon, în timp ce cele mai ușoare, care plutesc sunt îndepărtate printr-un stăvilar, împreună cu frunze și ramuri. Pietrele se scufundă în partea de jos și sunt îndepărtate manual atunci când rezervorul este golit. Rezervoarele cu sifon sunt încă în uz, deși acestea au dezavantajul de a consuma o cantitate mare de apă, pentru a muta produsul prin sifon. Nu există nici o separare de frunze, crengi și alte impurități. În cele din urmă, forța de muncă este necesară pentru a elimina pietrele din rezervor. Rezervoare continue cu sifon, de obicei, din metal, cu un volum de 1-2 metri cubi, au fost introduse în ultmii ani. Cu toate că îndepărtarea pietrelor se poate face mai ușor în aceste rezervoare, boabele ce plutesc rămân amestecate cu impurități. Cu toate că rezervoarele cu sifon sunt un mijloc de separare a boabelor plutitoare de cele ce se scufundă și pietre, utilizarea lor este mult mai răspândită pentru metoda de procesare umedă, deoarece procesarea uscată începe cu mai multe impurități datorită metodei de prelucrare și un nivel procent ridicat din produsul final este format din boabe ce plutesc și trebuie să fie separate de impurități.

 
  
 
Deoarece cireșele sunt purtate de apă de-a lungul unui canal, boabele ce plutesc si cele ce se scufundă sunt separate în doua straturi. O capcană în partea inferioară a canalului permite separarea stratului inferior, adică a boabelor scufundate, care sunt deviate din fluxul principal. Pietrele pot fi separate atunci când o capcană metalică este utilizată, ce permite controlul presiunii apei pentru a asigura că numai boabele scufundate sunt împinse în sus de apă, în timp ce pietrele rămân pe fundul capcanei. Acest sistem utilizează volume mari de apă care trenuie să ruleze în mod continuu de-a lungul canalului pentru a asigura separarea. Canalele cu capcane au fost frecvent utilizate în zone din Brazilia, unde apa este din belșug. Utilizarea lor este acum în scădere în favoarea ecomisirii mecanice de spălare cu speratoare de apă.
 
  Aceste separatoare folosesc aceelași principiu ca și canalele cu capcane cu diferența majoră că orice separare are loc în interiorul unui rezervor metalic, în care același volum de apă este utilizat pe tot parcursul procesului. Astfel, consumul de apă este mai mic decât oricare dintre sistemele descrise mai sus. Spălătoarele și separatoarele mecanice, au un canal de separare cu una sau două capcane. Modelele mai vechi folosesc o singură capcană pentru a separa boabele scufundate și pietrele din boabele ce plutesc, în timp ce boabele scufundate sunt separate de pietre prin reglarea presiunii apei. Modelele mai noi au două capcane, una pentru pietre și una pentru boabele scufundate. În ambele modele boabele scufundate și pietrele sunt împinse în sus de un curent ascendent de apă creat de o elice sau de o pompă care leagă cele două diviziuni ale rezervorului metalic.
  Când amestecul de fructe ajunge la separator, boabele plutitoare rămân pe suprafața apei și ies printr-un canal, în timp ce pietrele și cireșele (coapte și necoapte) se scufundă în capcană. Apa se deplasează în sus prin capcane împingând în sus atât pietre cât și boabele scufundate. Pietre sunt duse la un trasportor cu vibrație, care le descarcă în spatele separatorului, după scurgerea apei. Boabele scufundate sunt transporate într-un canal paralel cu canalul celor ce plutesc. Cele două canale se termină pe partea de sus a unui transportr cu vibrație cu un ecran de drenaj perforat și două ieșiri separate, una pentru boabele plutitoare și unul pentru cele ce plutesc.
  Inventat în Brazilia și în mod progresiv se extinde în alte țări, mecanismul de spălare - separare, reduce foarte mult consumul de apă și cerința de muncă. 
Mecanismul de spălare - separare poate fi alimentat printr-un transportor cu două site ce vibrează, pe partea de sus a căruia este ansamblat un mecanism de vânturare pentru a crea o mașină ce îndeplinește toate cele trei funcții descrise în această secțiune: vânturare, cernere și flotare. 
  Această mașină elimină toate impuritățile ușoare prin vânturare, apoi elimină impuritățile mai mari și mai mici decât cireșele prin cernere, și în cele din urmă, ea separă pietrele de boabele scufundate și pe cele plutitoare prin flotare, reușind astfel să îndeplinească toate funcțiile de separare necesare în procesul uscat.
  În timp ce avantajul acestei separări timpurie este larg acceptată în Brazilia, țara cu cea mai mare producție de cafea Arabica procesată prin uscare, mai este până să fie recunoscută și adoptată de către producătorii de robusta, toți folosind în principal sistemul uscat. Cu toate că mulți cultivatori de robusta din Brazilia folosesc deja această tehnică, este rar utilizată în alte țari producătoare de robusta.  
  Atunci când boabele ce plutesc sunt separate de cele ce se scufundă, există câștiguri substanțiale în timpul de uscare, munca și spațiul de uscare, precum și a combustibilului și a consumului de energie (uscare mecanică). În plus, produsul final are un conținut de umiditate uniform, ceea ce duce la un aspect îmbunătățit și o prăjire superioară. În cele din urmă, atunci când procente substanțiale de cireșe necoapte se găsesc printre fructele scufundate, uscarea poate fi încetinită, pentru a evita ca aceasta să devină boabe negre. Acest ultim avantaj de separare și de uscare este chiar mai avantajos cu Robusta, a căror recoltă produce adesea procente mai mari de cireșe necoapte, deoarece este mai puțin îngrijită. Deși separarea boabelor are un impact pozitiv asupra calității, problema amestecului de cireșe coapte și necoapte în cele scufundate rămâne. După cum se menționează în secțiunea despre recoltare, în cazul în care sunt uscate cireșe necoapte, împreună cu cireșe coapte, boabele necoapte vor produce un gust aspru neplăcut. Pentru a rezolva această problemă, recoltarea trebuie să fie selectivă, ceea ce este foarte rar în cazul cafelelor procesate natural, sau boabele necoapte trebuie să fie sortate cu ajutorul sortatoarelor de culoare, la sfârșitul clasificării și a procesului de sortare înainte de a fi exportată sau prăjită.